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鱼塘消毒是养鱼过程中重要的环节，可以有效防止病虫菌、昆虫以及各种有害物质影响鱼的生长。鱼塘消毒的方法主要有以下几种：
使用漂白粉消毒。漂白粉可以撒在鱼塘中，能有效杀菌。使用时要注意漂白粉与空气接触容易分解，因此最好在放鱼苗的前一个星期使用，用量根据鱼塘大小调整，一般一亩地撒上一麻袋的漂白粉。晴天中午撒效果最好。
使用生石灰消毒。生石灰遇水会产生极大的碱性物质，杀菌能力非常强。消毒时将池塘水位控制在八厘米左右，然后在池塘周围挖小坑，放入生石灰让其挥发，产生热量后再均匀撒入池塘内。生石灰在杀菌的同时还能提高土壤及水质的肥力。但要注意，生石灰杀伤力大，在使用时鱼塘不应有鱼。
清塘消毒。在鱼、虾养殖池清淤修整后，用生石灰加水溶化后趁热全池泼洒。池内留水6～10厘米深，每平方米水面用生石灰85～110克，水深1米时每平方米水面用生石灰80～400克，24小时后池水的pH值在11左右，能有效清除野杂鱼虾、大型水生生物、寄生虫和细菌等。
鱼种消毒。鱼种放养前要进行消毒，可用一定浓度的食盐水或药水浸泡鱼体，以杀灭寄生在鱼体上的病菌和寄生虫。
饲养消毒。对养鱼的饵料和食场进行消毒，坚持在精饲料中拌入1%的食盐或“鱼血停”投喂，每月一次，连续4～5天。在鱼病流行季节，每个食场每10～15天用漂白粉或生石灰消毒一次。
定期消毒。定期对鱼塘的水体进行消毒，尤其是在鱼、虾生长季节，每月每平方米水面用生石灰10～20克加水后全池泼洒1～2次，可维持池水呈弱碱性、溶氧充足、水质清新。
在使用消毒剂时要注意用量及使用条件，并注意补磷以及避免漂白粉及含氯类消毒剂与生石灰同时使用。
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