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纯化水的微生物限度应符合相关药典的规定。根据《中国药典》（2020版），纯化水中的需氧菌总数应不超过100CFU/mL。对于注射用水，微生物指标需氧菌总数应不超过10CFU/100mL。这些标准并非用于判断水系统是否合格，而是作为警戒限量，以便在微生物污染超出控制范围时及时采取措施进行调整和调查。
此外，美国FDA的建议原则与中国的规定相似，即纯化水的微生物指标不应高于100CFU/ml，而注射用水的指标更严格，不应超过10CFU/100ml。这些标准旨在确保制药用水系统的安全性和产品质量。
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