大家好，今日我们来聊聊一篇关于lncrna引物设计，lncRNA的套路分析的文章，希望对大家有所帮助
摘要
非编码RNA (ncRNA)参与表观遗传调控，但对其知之甚少。在这里，我们以5个碱基对的分辨率描述了11个解剖位点的4个人HOX基因座的转录景观特征，并鉴定了231个HOX ncRNAs，其将已知的转录区域扩展了30千个碱基。Honcrnas沿着发育轴在空间上表达，并且具有独特的序列基序。它的表达定义了一系列不同组蛋白甲基化和RNA聚合酶可及性的染色体区域。
研究成果
图1
图1:位于1:HOXA基因座的人类HOX转录组。
(a)位点特异性转录。左图：50，532个探针的杂交强度，这些探针拼接了11个样品中每个样品的人类HOXA基因座(用圆圈编号)。每个探针的强度显示为单个探针的强度除以阵列上所有301，027个探针的平均强度的log2的比值；每个探针的log2比率取100 bp窗口的平均值；红色和绿色条形分别高于或低于阵列平均值。编码HOX蛋白的基因的基因组位置显示在棕色方框中。右图：关于发育轴的11个成纤维细胞样本的解剖学来源。
(b)通过瓦片阵列上的连续信号识别转录区域，然后与Refseq序列比较，以确定基因[外显子(粉色)和内含子(蓝色)]和基因间转录区域(紫色)。每个预测的HOX外显子或内含子分别命名为HOXn或int-HOXn。基因间转录区被命名为nchoxn，其中n是位于HOX编码链上NC RNA 3’端的HOX旁系同源物。
(c)所有四个HOX基因座的转录区域的总结，定义了N深圳生命网络的HOX基因、内含子和cRNA转录区域的数量。
图2
图2:2:HOX ncRNA的位点特异性表达和一级序列基序。
(a)由HOX编码的转录物沿近端-远端轴差异表达。60个转录区(12个HOX基因和48个ncRNA)在远端成纤维细胞样品(脚、手指、包皮和前列腺)和所有其他细胞之间差异表达(P 0.05，学生t检验)。高于或低于总中值的每个转录区的表达水平以色标表示(线性标度为3至0.3倍，或log2标度为1.6至-1.6倍)。转录区域根据它们在染色体上的位置进行分类，样品根据这60个转录物表达的相似性进行分级聚类。HOX的侧枝同源基因是从飞越胸部(UBX)或天线腹部(Antp)进化而来，分别用蓝色和黄色方框表示。
(b)由HOX编码的转录物沿着前部和后部解剖区域差异表达。总共92个转录物(6个HOX基因，86个ncRNA)在原代前或原代后成纤维细胞培养物(脐上方或下方)中差异表达(P 0.05，学生t检验)。每个ncRNA的表达如(a)所示。
(c)基于其表达模式，序列基序在HOX ncRNA中富集(第10-9页)。ncRNAs的一级序列中富集的序列基序的语标图比未翻译的HOX序列多，或者在ncRNAs的远、近或后面的表达模式多。在前面解剖部位表达的ncRNA中，没有比预期更多的一级序列基序。
图3
图Suz12、H3K27me3和pol II在HOXA基因座占据的染色质修饰和转录可及性，这与原代肺(上)或足(下)成纤维细胞(Fb)的HOXA基因座的~100 kb转录活性完全相反。对于码片数据，码片/输入的log2比率绘制在Y轴上。对于RNA数据，杂交强度以线性比例显示。虚线突出了染色质修饰和基因之间转录的相反配置之间的边界。
图4
图4:在4:HOXC位点的反义基因之间的长ncRNA HOTAIR。
(a)热空气在两个染色质域边界的基因组位置。拼接阵列上芯片RNA的表达如图3所示。
(b)链特异性RT-PCR显示HOTAIR在HOXC基因的相对链中的独特表达(底部)。设计用于逆转录(P-RT)和PCR(P-PCR)的引物以特异性靶向HOTAIR的顶部链(引物F1-F3)或底部链(引物R1)。
(c)肺和包皮成纤维细胞RNA中热空气的Northern印迹分析。
(d)通过含有HOTAIR、全长反义HOTAIR或miRNA let7a探针的寡核苷酸库(组1-3)检测小RNA的小片段和大片段。
(e)通过qrtpcr检测HOTAIR在人成纤维细胞后部和远端的表达。每个成纤维细胞样本的来源由解剖卡通上的样本号表示。" A "来自头皮。X轴上显示了相对于头皮(正面)的每个位置的热空气的相对丰度。
(f)在胚胎10.5天时，使用HOTAIR sense(下链)或antest(上链)探针在整个胚胎(上链)和后肢和尾巴(左下和右下)中进行整个胚胎的原位杂交。突出显示HOTAIR后肢(箭头)和尾巴(箭头)的表情。
图5
图5:5:HO深圳生活网XD站点H3K27三甲基化和Suz12占用需要HOTAIR。
(a)与针对GFP的对照siRNA相比，hoxd基因座中H3K27me3芯片-芯片信号的变化是由HOTAIR的缺失引起的。HOXD基因的位置用棕色方框表示。
(b)靶向GFP或HOTAIR的siRNA处理后H3K27me3的ChIP和HOXD位点
结论
我们在HOXC基因座中发现了一个2.2千碱基的ncRNA，称为 HOTAIR，它通过 HOXD 基因座的40千碱基抑制转录。HOTAIR与多梳抑制复合体2 (PRC2) 相互作用，是PRC2占位和HOXD 位点组蛋白H3赖氨酸-27三甲基化所必需的。因此，ncRNA的转录可能在一定距离内界定了基因沉默的染色体区域；这些结果对发育和疾病状态下的基因调控具有广泛的意义。
DOI：10.1016/j.cell.2007.05.022
参考文献
[1].Albrecht, UHJA.; Lin, H. Visualization of gene expression patterns by in situ hybridization. Boca Raton, FL: CRC Press; 1997.
[2].Bae E, Calhoun VC, Levine M, Lewis EB, Drewell RA. Characterization of the intergenic RNA profile at abdominal-A and Abdominal-B in the Drosophila bithor深圳生活网ax complex. Proc Natl Acad Sci U S A 2002;99:16847–16852. [PubMed: 12481037]
[3].Bernstein, BE.; Kamal, M.; Lindblad-Toh, K.; Bekiranov, S.; Bailey, DK.; Huebert, J.; McMahon, S.; Karlsson, EK.; Kulbokas, EJ., 3rd; Gingeras, TR., et al. Cell. 120. 2005. Genomic maps and comparative analysis of histone modifications in human and mouse; p. 169-181.
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